Tenho utilizado bastante o Nemo como gerenciador de arquivos principal aqui em conjunto com o ambiente desktop LXDE. Uma das vantagens que vi foi a boa integração com o VirtualBox por exemplo com o recurso de drag and drop entre uma janela e outra. Tipo você pode arrastar do Windows Explorer da janela da máquina virtual hospedada para a janela do gerenciador de arquivos Nemo na máquina hospedeira e vice-versa.
O Nemo é bem completo para o que se propõe a fazer, mas ainda está em Inglês(cadê os voluntários? rs) e alguns menus de contexto comuns não estão lá. Duas opções que costumamos usar muito são "compactar" ou "comprimir" e "extrair aqui" podem não estar no Nemo por algum motivo.
Vamos adicionar essas entradas para facilitar nosso dia a dia?